TICE les SVT

(Application) Libmol

Perrin — 2025-05-08T06:53:47Z

Libmol est une application pédagogique qui permet de visualiser des molécules en trois dimensions. Elle est particulièrement utilisée au collège et au lycée, notamment pour explorer la structure des molécules biologiques (ADN, protéines, glucides…).
Fonctions principales :

Chargement de molécules au format PDB (Protein Data Bank).
Affichage en différents modes : bâtons, sphères, rubans, surface…
Possibilité de faire tourner, zoomer et orienter les molécules.
Interface claire, avec outils d'analyse pour identifier les chaînes, résidus ou atomes.
Auteur : Paul Pillot

Utiliser une visionneuse en ligne intégrant plusieurs fenêtres Libmol Attention : L'interface fonctionne de manière optimale avec Mozilla Firefox.
Lien d'accès : https://view.genial.ly/5a05bb3421cf3624787045d3

Tutoriel :
Visualisation de molécules avec Libmol (.pdf)

Utiliser une interface web
Cette interface a été proposée par Philippe Cosentino, de l'académie de Nice, pour comparer deux molécules.
Lien d'accès : http://philippe.cosentino.free.fr/dual_libmol/
Lien intégrant directement deux molécules à comparer : exemple pour comparer l'alanine et la glycine, copier-coller cette adresse : http://philippe.cosentino.free.fr/dual_libmol/index.htm?pdb1=ALA&pdb2=GLY

Pour comparer deux autres molécules, il faudra rechercher le code de ces molécules et modifier une partie de l'adresse : pdb1=(suivi du code de la 1ère molécule)& pdb2=(suivi du code la 2ème molécule).

Où trouver ces codes ?

Il y a d'un côté la banque de macromolécules avec des codes à 4 caractères, par exemple en fouillant dans la Protein Data Bank.

Il y a aussi le « Chemical component dictionary » qui donne accès à tous les résidus et petites molécules existant dans les fichiers PDB. Ce sont les mêmes identifiants que ceux que l'on peut utiliser pour sélectionner un résidu : ALA, GLY, DA, A, HEM, etc… Pour les rechercher, on peut passer par cette page et choisir l'onglet « Name/Identifier ».

Vous trouverez aussi directement ces codes dans Libmol, en haut à gauche de la fenêtre quand s'affiche votre molécule.

Activités :

(Application) Rastop

Perrin — 2025-05-08T05:36:53Z

RasTop est une application pédagogique de visualisation moléculaire en 3D qui permet d'explorer des molécules biologiques complexes (protéines, ADN, hémoglobine, enzymes…) à partir de fichiers issus de banques de données (comme le PDB – Protein Data Bank).

Téléchargement :
RasTop en français
Version 2.03 Exécutable et répertoire d'aide
Attention : Sur certaines machines, des Dll supplémentaires (MFC42.DLL, MFC42D.DLL et MSVCRTD.DLL) peuvent être requises.
Les télécharger et les décompacter dans le répertoire windows/system ou WINNT/system32
Télécharger les DLL de RasTop

Tutoriels :
Documentation détaillée du logiciel sur le site Biotic

Activités :
Exemples d'application

(Application) Diastase2

Perrin — 2025-04-30T14:39:41Z

Diastase 2 est une application pédagogique en ligne pour modéliser la catalyse enzymatique. Elle repose sur une modélisation multi-agents, où les molécules (enzymes, substrats, produits) sont représentées comme des entités interagissant dans un environnement simulé. Les molécules se déplacent, interagissent, forment des complexes enzyme-substrat et se dissocient, permettant d'observer le déroulement d'une réaction enzymatique en temps réel.
Auteur : Philippe Cosentino

Voir en ligne :
Site académique Nice
Site perso free

Tutoriel :
Article en ligne

Téléchargement :
Lien vers l'application hors ligne (dossier web à télécharger)

Activité :
Exemple de lien de partage (hydrolyse du maltose)